A FAPEB atua no apoio, prioritariamente, às Instituições Científico-Tecnológicas do Exército Brasileiro, executando as seguintes atividades:
- Gerenciamento financeiro;
- Gerenciamento de material;
- Contratações de Pessoas Jurídicas;
- Contratações de Pessoas Físicas;
- Licitações;
- Contratos;
- Importações;
- Exportações.